Javascript側

function uploadFile() {
    $("#form").submit();    //jQuery
    return false;
}

window.hoge = [];
<form id="form" action="/upload" method="post" enctype="multipart/form-data" target="iframe">
<input name="upload" type="file" onchange="uploadFile();">
</form>
<iframe name="iframe"></iframe>Code language: JavaScript (javascript)

PHP側

$upload_dir = "/www/var/html/public/";    //ディレクトリはあらかじめ作っておく。Windowsの場合C:\\から
move_uploaded_file($_FILES['upload']['tmp_name'], $upload_dir . $_FILES['upload']['name']);
chmod($upload_dir . $_FILES['upload']['name'], 0666);
parent.window.formdata[0] = "<?php print($_FILES['upload']['name']); ?>";Code language: PHP (php)

テストはしてないので間違いがあるかもしれません。window.formdataのプロパティとしてグローバル配列変数を作成し、その結果を代入します。ただ、セキュリティの観点からなのかイベントの発火は何度やってもだめでした。親ウィンドウの変数に代入するくらいしかできないようです。